Le musée expose des collections d’art et d’histoire couvrant la période du néolithique jusqu’à l’époque moderne : mobilier archéologique, arts décoratifs, Beaux-arts, collection ethnographique régionale, mais aussi extra-européenne. Le patrimoine militaire de Vauban, les traditions maritimes, la culture de la vigne, le commerce du sel ou encore les bagnes de Guyane figurent parmi les thèmes explorés par le musée.